佐加顿斯体育会于1891年3月12日在佐加顿岛一间咖啡馆成立。而第一座主场馆则于1896年于斯德哥尔摩落成启用。足球于1899年开始运作。1904年，佐加顿斯首次进入瑞典锦标赛决赛，不幸地被奥基迪击败。而他们第一次夺得瑞典锦标赛冠军，就要到1912年了。当时佐加顿斯在决赛两场均打和下，于第二次重赛击败对手。然后，他们还赢得过三次瑞典锦标赛冠军，分别于1915年、1917年和1920年。
　　佐加顿斯只曾于1924年和1944年期间，两次升上顶级联赛角逐，而且两次都在下季降回瑞典甲组联赛角逐，而佐加顿斯更在1929年至1932年期间，三度降至瑞典乙组联赛角逐。直至1944年起，佐加顿斯才开始在瑞超稳定下来。至于第二次黄金年代则界乎五十年代至六十年代。在这个时期，佐加顿斯四夺联赛冠军。在1959年，佐加顿斯足球俱乐部更和佐加顿斯曲棍球会一起赢得各自的联赛冠军，成为一时佳话。
　　至于七十年代，佐加顿斯并无更大进步，三次夺得瑞超联第三名已是佐加顿斯最好的成绩。而在八十年代，佐加顿斯陷入低谷，球队于1981年降班，在1986年升回瑞超前，两度于升班附加赛中落败，更于1987年再次降班。虽然佐加顿斯两年后回到超级联赛角逐并连续逗留了五季，但除了在1988年在超级联赛获得亚军外，就再无更大的进步。在九十年代，佐加顿斯最少三次降落瑞甲角逐，当中两次能在次年成功升回超级联赛，从2000年起，佐加顿斯再获得重生，也是他们第三次的黄金时期，在2000年至2007年间，他们获得了三次联赛冠军和三次瑞典杯冠军。