汉密尔顿俱乐部在1874年年末由当地的哈密尔顿学院的牧师及学生成立，于1897年11月加入苏格兰足球联赛取代被迫退出的兰顿。
　　在球队历史中曾两度晋级苏格兰足总杯决赛，分别于1911年在重赛0-2负于凯尔特人及1935年1-2负于流浪者。
　　1971年汉密尔顿成为首支从铁幕后招揽球员的英国俱乐部，从波兰签入3名球员。
　　1980年代后期汉密尔顿于1986年及1988年两次升级到苏超，但每次只能在顶级联赛中维持一年。汉密尔顿在1991年及1992年连续两年夺得苏格兰联赛挑战杯（当时称为“B & Q 杯”）。
　　1994年由于实施新的球场条例，汉密尔顿被迫放弃道格拉斯公园球场，将球场出售另建新球场，在往后的7个赛季，汉密尔顿需要与艾比安流浪及帕尔蒂克共用球场。汉密尔顿不幸于1999/2000年赛季降级丙组。
　　汉密尔顿随即于翌年获得丙组联赛冠军回升乙组。2001/02年赛季汉密尔顿返回汉米尔顿与旧球场毗连的新道格拉斯公园球场，更于2004/05年升级甲组。2008年4月19日主场2-0击败克莱德后确定冠军席位及自1988年后再次升级到苏超联赛。